O 5-HIAA é um metabólito da serotonina usado como marcador de tumores carcinóides (tumores neuroendócrinos que originam-se principalmente nos tratos respiratórios e gastrointestinais). Alimentos ricos em serotonina devem ser evitados antes e durante a coleta. Medicamentos usados podem interferir no resultado do exame: levodopa, imipramina, acido dihidrofenilacetico, metildopa, antidepressivo IMAO, morfina, acetominofen, acido acético, salicilatos, formaldeido, isoniazida, fenotiazinas, xaropes com glicerilguacolato e naproxifeno. As concentrações do 5-HIAA podem estar normais com tumores carcinóides não metastáticos e na síndrome carcinóide, particularmente, em pacientes sem diarréia. Alguns pacientes com síndrome carcinóide excretam ácidos indólicos não hidroxilados que não são medidos pelo teste do 5-HIAA. O 5-HIAA encontra-se aumentado nos pacientes com má- absorção e níveis aumentados de metabólitos urinários do triptofano (doença celíaca, sprue tropical, Doença de Whipple, fibrose cística, etc.), e em pacientes com obstrução crônica do trato intestinal além de alguns pacientes com tumores de ilhota não carcinóides. Seus níveis exibem uma correlação ruim com a gravidade da doença. Níveis aumentados são observados na gravidez, ovulação e estresse